土壤细菌和真菌群落对土壤养分循环、植物物种共存等方面发挥着重要的调节作用，对维持森林生态系统结构与功能稳定性中扮演着重要的角色。研究表明，地上-地下跨界生物群落的互作在生态系统功能维持的重要性可能远大于种间种内互作以及物种多样性所发挥的作用。

中国林科院热林所尖峰岭生态站依托热带雨林公里网格样地平台，采用跨域分子生态网络研究方法，对比分析了“土壤细菌-土壤真菌-植物”互作模式对历史择伐和皆伐的响应及其对森林土壤生态过程与植被恢复的反馈调节作用。研究发现，择伐后的次生林自然恢复过程中，土壤“细菌-真菌”负相互作用增加，“微生物-植物”互作模块性和嵌套性降低，跨域生物群落之间存在较强的养分竞争关系，这将导致地上和地下不同群落的生态位分化加剧，对植被和土壤微生物多样性的恢复具有正向的促进作用。

皆伐后的次生林自然恢复过程中，土壤“细菌-真菌”的正相互作用、以及“微生物-植物”互作的模块性和嵌套性显著增加，跨域生物群落通过频繁合作而达到养分互馈吸收，然而这将进一步导致地上地下生物群落组成的均一化，不利于森林植被和土壤微生物多样性的恢复。据此结果，该项研究提出对丢失的植物物种进行适当人工补植是促进皆伐次生林高效修复的关键措施之一。